Для экспорта нужно полученную в Magic Particles последовательность кадров импортировать в среду разработки вашего flash-проекта, я использую старый добрый Adobe Flash.
При импорте первого кадра секвенции флеш "спрашивает", а не последовательность ли это кадров, ну тут конечно нужно подтвердить, что да поледовательность и тогда флеш затянет все последовательно пронумерованные кадры с прозрачностью если она есть в рабочую область. Вот собственно и всё.